第一部《濁流》︰
剛剛從中學畢業踏入社會的陸志龍，那該是怎樣的一種心情啊！他的腳步沈重，心裡一直叼念著「你好，我是陸志龍。」他擔心著見到校長時，該怎麼說話，就這樣重複的練習著。這是他到大河宮前國民學校就職的第一天，那是階級、一板一眼的工作地點，何況這是殖民統治的時代。到了學校後，果然校長是那樣的嚴厲使他覺得自己是一隻螞蟻不被在乎，隨即他認識到了幾位台灣籍的同事，當時是說本島人同事。不過更讓志龍注意到的是美麗的芳鄰節子，她是日本女同事，當時說是內地人。因為志龍也認為自己是日本人。
在與本島男同事相熟之後，閒聊之下談起女人，志龍為了自我表現，竟然說最有味道的應該是谷清子，同事詫異之餘，紛紛同意了。她是屬於日本古典的美女，長志龍幾歲。在學校辦公桌坐著時，不知不覺，志龍會被清子吸引過去，常常偷偷地看清子，如將兩個手掌掩住自己的臉與眼睛假裝很累在按摩，卻偷偷地在指縫中看對面的清子。
懵懵懂懂的志龍在發下薪水時，才發現內地老師都有加成，連學歷比不上他的女老師，在加成後都比他還高。另外也發生台灣學生常常被內地老師教訓，只因為忘了念天皇晨訓，連家長都被叫來，似乎是什麼嚴重的事情。這時候是太平洋戰爭的時代，局勢越見緊張，老師的暴力就加重。連本島籍的老師也跟著以暴力對待小孩，甚至志龍也這樣做了。志龍回想到自己在中學時代，就被老師無故的挑釁，要志龍用刀來攻擊老師，說這是本島人與日本人的戰鬥，志龍恍然有感，原來他與日本人是不同的。不過他仍舊懵懵懂懂，仍未透徹某種道理。
因緣所致，學校要辦理遊藝會，派了清子與志龍同一組負責戲劇表演。兩人於是接近，而功成結束後，兩人有同遊齋明寺的機會，使得志龍喜不自勝。志龍漸漸對清子的背景了解，她的幾任前夫、男友都死於戰場，她認為是愛情所致。為了怕帶給他人不幸，所以嫁到陌生的台灣來，而丈夫因為也出征，她在不愛這個丈夫之下，所以丈夫也就可以避免不幸。
開始清子如同姊姊般的對待志龍，哪知18歲的志龍，在濛濛朧朧愛情與肉體的呼喚，他似乎愛上了清子。雖然他也知道清子是日本人，他不能愛她。但是越是不行愛，內心也越就越想接近清子。在志龍往清子家作客的夜晚，突然空襲警報響起，清子因害怕而撲下志龍，稍稍平靜後，兩人竟然親吻起來，然後滾在地上，幾乎發生性關係。好在空襲警報結束，又響起了很大的聲音，才中斷兩人的交纏。志龍覺得似乎永久失去了什麼，唉聲歎氣，清子安慰志龍，說志龍很乖，所以兩人才沒有釀下大錯。
志龍更想念清子了，也更不敢接近她。不幸的是州視學看上了清子，而清子為了保護志龍，為免志龍被暗算調去作戰，犧牲自己的肉體。志龍毫不懂得其中關鍵，怨恨清子。突然清子自殺身亡，留下遺書，志龍終於清醒了些什麼事情、又是什麼意義。他想離開大河，離開途中，他看到溪水因為大雨的關係漲滿且急，衝下了許多污泥、倒木。似乎讓志龍領略到人生似乎也像濁流，都需要經歷感情的橫暴、刷洗，感情才會再度如流走垃圾後的河水，再度清晰。
第二部《江山萬里》︰
為了避免被抽去當兵，志龍考上青年師範學校，不料戰事吃緊，就學一年後，志龍仍在大甲地帶當上學徒兵。軍隊中的生活更嚴酷了，而且吃喝都少，正要成長的志龍忍受著無比身心的煎熬。尤其來自日本內地的同學，都紛紛成為小隊長，更加的欺侮著本島同學。幸好的是志龍認識了陳英凱，給了他無比的慰藉。除了心靈上的安慰，也常常買些東西，一起吃。且陳英凱喜讀世界名著，影響了志龍。兩人常常在躲空襲時，便一起躲在防空洞中看書。晚上值夜時，也一起看書。
而在嚴酷的學徒兵生涯，志龍認識了駐紮地附近的公學校教員李素月，由於志龍富於音樂才華，吸引了那裡的老師，也吸引了素月的注意。兩人進入愛河，但是志龍並不敢大膽的去愛她，常常為英凱所規勸、鼓勵。
部隊中的日本小隊長，越來越橫暴，終於逼使本島的隊員，偷取手槍，正面要打死日本小隊長，小隊長們在恐懼之餘，露出喪氣的樣子，自此再也不敢隨便動手打本島同學了。
一天志龍到了鐵砧山從事防空任務，發現了鄭成功廟旁有個「江山萬里碑」，志龍以自己的鄉音來念，懂得了江山萬里的意思，豈非就是意指海那邊的國度嗎？那就是我真正的國家、大陸上有許多與我相同血液的人。似乎志龍更能體會到自己是殖民地子民的真正身分。不過那也只是一個思想的體悟而已。也沒有給予進一步的能改變任何現實的環境。
不料志龍染上瘧疾，躺在病床上，心中渴望素月來看他，卻因為聽力漸漸喪失，開始自卑，兩人間漸漸產生極大的衝突、不合。終於分手。此後志龍常常走在樹林中，心中虛無的很，想到要自殺。
台灣終於光復，志龍的戀情也失敗了，在回鄉的火車上，志龍將腰邊的吉祥物，往天空一丟，又要往人生的下一個階段邁進了。
第三部《流雲》︰
身心受到了很大的創傷，回到三洽水父親住的地方後，除了痛苦外還是痛苦，由於父母的接納，漸漸的回復平靜後，開始與鄉村中的青年熟悉。這時候為了將來，大家開始學北京話。不過補習班很多，各個不同。志龍決定用自己的話來讀中國古典作品。先是三字經，再來是找出中學時代的漢文來念。常常與鄉村青年來往、互相請教而獲得很大的滿足。
這一天是光榮的日子，志龍到了街上，迎接國軍、光復節，志龍熱淚盈框，拼命將萬歲喊出來。不過另外一個情況是旱災依舊，河水漸漸的乾枯，經濟也衰退的很快。志龍在街上見到從前的同學，有的已回到學校任職，他們希望志龍也能一起來教書。而讓志龍最注意到的是童戀情人秋香，她也在學校教書，勾起志龍很多回憶。以後志龍來到街上時，就會想看到她，尤其經過大池塘的橋邊，望著她的家地方向有人走過來，他就多麼希望是她。
由於志龍恢復了體力，似乎精力也特別滿溢，內褲因為是妹妹們在洗，而不大好意思。有時自己到河水邊坐著，下河時就特別將內褲因乾燥後硬化的部份搓揉幾下。忽然一條牛跑過來，讓志龍嚇了一跳。一個女孩在後面大笑，志龍非常生氣，便去抓她，結果兩人跌倒在地，志龍不小心抓到對方的乳房，竟然是那麼碩大飽滿，志龍趕忙放手。並且因為不小心抓去女孩的衣扣，女孩因此露出了很深的乳溝。女孩非常慌張生氣，趕忙抓緊自己的衣襟。志龍拔起草莖，表示可以以此將衣服扣扭起來。說明自己不是故意的，請對方原諒他。
漸漸的認識這個女孩叫做銀妹，原來她是那麼的友愛弟弟，並且照顧整個家庭，而且她還是童養媳，要配的是一個流著口水的白癡。志龍非常的同情她。不過志龍周圍有好幾個女孩可以選擇婚配，有童戀情人秋香，也有三洽水美女完妹，甚至六妹也頗有姿色。但似乎最不可能是對象的銀妹，卻讓志龍念念不忘得是她身上的牛臊味。而有次不小心看到她在河中洗澡，洗去身上的泥土後，她竟然是那樣的白，像個妖精似的。而且志龍與她在一起，最能感到自然與愉快。
經濟情況越來越差，志龍為了幫助銀妹，帶了二十塊給銀妹當作本錢去賣菜，銀妹大獲感動，兩人在河邊吃著志龍帶來的蕃薯餅，時間已晚，就要起身回家時，志龍突然跌在泥中，兩腳弄的很髒。銀妹要志龍坐著，並用手幫志龍洗腳，搓著搓著，銀妹抬頭看著志龍的眼睛，志龍露出了火熱的渴望。志龍將銀妹抱起，開始吸吮銀妹的嘴唇，漸漸的兩人都失去了自我，最後志龍進去了銀妹的身體。
回到家後，志龍深深的感到不安，害怕銀妹懷孕。但心裡也還常常想著其他的女生，只是晚上，志龍則夢想著再一次與銀妹的身體結合，希望銀妹會在晚上出來。終於志龍見到與銀妹要好的六妹，才知道銀妹都在賣菜。志龍要六妹轉告銀妹，希望能在見到她。不料，見面的日子志龍卻需要到國小報到，因此錯失機會。下一次終於遇到銀妹時，銀妹非常的生氣，志龍則請銀妹原諒。原來銀妹的心中覺得非常的自卑，知道自己配不上志龍，要志龍去找別的女人。哪知志龍這時感到銀妹似乎沒有懷孕，心裡輕鬆不少。志龍想要親近銀妹，銀妹並不肯。
終於過年快到了，志龍知道銀妹就要與白癡的番仔送做堆。志龍非常的難過，偷偷地又去找銀妹。銀妹不肯見她。過完年，志龍從旁人的口中，聽到對銀妹污穢的語言，志龍非常生氣，又無可如何。終於銀妹在大年初三，逃離家園。志龍聽說銀妹是要到花蓮找她的親身父母，目前在中壢的紅燈區友人家。志龍決心去找，但銀妹已經離開那裡了。志龍下定決心，也要到花蓮帶回銀妹，無論如何。